新会社の組織体制は、本社機構として人事総務、経理、業務、新事業開発本部、グループ戦略本部を置くとともに、デバイス製造装置、ライフサイエンス、情報・生産の3事業統括本部を設置した。モノづくりでは、設計・製造統括本部のもと企画本部、那珂事業所、笠戸事業所を置き、営業では電子、工業材料、電子材料の各営業本部を設置した。

事業領域は、電子デバイスシステム部門(デバイス製造装置)、ライフサイエンス部門、情報エレクトロニクス部門、先端産業部材部門の4部門とした。

この体制のもと、「製・販・サ」一体、シナジーと企業文化創造、「営業ブロフィットセンタ制」によるマーケットオリエンテッドな会社の実現、「商社+メーカー」の融合による新たな企業文化の創造に取り組むこととなった。

また、新会社設立とともに、日立ハイテクノロジーズ労働組合が設立され、本社支部、那珂支部、笠戸支部の構成で、「安心と働きがいのある職場」「組織の強化発展」などを目標に、新たな一歩を踏み出した。