九州大学大学院 医学研究院
形態機能病理学分野
九州大学病院 病理診断科・病理部
准教授 岩崎 健 氏
骨軟部腫瘍の研究において、正確な診断と正しい治療の実現に向けて、
実験とデータの抽出に取り組んでいる、九州大学大学院の岩崎 健准教授にお話をうかがいました。
高感度なフラグメント解析で多くの成果を出している
京都大学日本先生に、短時間でターゲットを解析する手法を伺いました。
奈良県立医科大学 病理診断学講座 准教授
藤井 智美 氏
サンガー法とNGSを検査目的によってどう使い分けているのか、
サンガー法のポテンシャルについて伺いました。
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「DS3000」は4本キャピラリーを搭載したDNA配列決定、フラグメント解析に対応した卓上シーケンサーです。
測定例として、ここでは臨床研究向けのアプリケーションをご紹介いたします。
マイクロサテライト不安定性(MSI)はマイクロサテライト領域と呼ばれる反復配列上で生じる突然変異であり、ミスマッチ修復酵素の異常を予測するバイオマーカーとして知られています。
MSIの解析例
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低頻度変異は細胞集団のごく一部で確認される突然変異です。
がんの発生や進行の原因となることがあるため、がん研究における有用性が認められています。DS3000 Compact CE SequencerとMutation Surveyor（SoftGenetics社）を用いた解析例をご紹介します。
KRASのG12A（変異率20%）サンプルの波形
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DNAを構成する4つの塩基中、シトシンの5位炭素原子はメチル基転移酵素の働きによりメチル化されることがあります。シトシンのメチル化は遺伝子発現制御をはじめとして、ゲノム上の様々 なイベントに重要な役割を持ち、エピジェネティクスにおける代表的なマーカーとして知られています。メチル化されたシトシンを一塩基単位で解析する手法として、バイサルファイトシーケンスがあります。
バイサルファイト処理後の波形例
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MLPA®法(試薬製造元：MRC Holland、試薬国内販売代理店：㈱ファルコバイオシステムズ) は、コピー数変化(欠失/重複：CNV)、既知SNP、メチル化度合を解析する方法として知られています。
造血器腫瘍の解析例
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SNaPshot ®（Thermo Fisher Scientific）は、一塩基伸長反応を用いてプライマーに隣接する塩基を同定する技術です。DS3000蛍光色素やサイズスタンダードをカスタマイズでき、より多くの試薬キットをお使いいただけるようになりました。
SNaPshot®反応産物の波形パターン例
蛍光色素セットを用いて6か所のSNPを一度に検出
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DS3000は、フラグメント解析に威力を発揮する1台です。
[メリット]
フラグメント解析にメリットがあるDS3000のご紹介
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1. 遺伝子の欠失・重複から遺伝性腫瘍や先天性/遺伝性疾患などのMLPA解析に利用できます。
「MLPA®解析の実例」テクニカルレポート
2. マイクロサテライト不安定性分析による突然変異に起因するがんの検出や個体識別解析ができます。
「マイクロサテライト不安定性分析の紹介」テクニカルレポート
3. SNaPshot解析でマルチローカスの複数箇所のSNPを同時に検出することが可能です。
「新機能を用いたSNaPshot®解析」テクニカルレポート
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ご自身のお手元でDNA解析ができ、時間短縮により研究が途切れず、
研究のアイデアが素早く試せます。
[メリット]
自分の手元でDNA解析ができ、時短で研究が途切れず、研究のアイデアが素早く試せる
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1. バクテリアやカビ、酵母の同定に利用できます。
「微生物同定の実例」テクニカルレポート
2. 細胞認証（Cell Line Authentication : CLA）を定期的に実施することで、細胞株に対する、外来細胞の混入や置換の有無を確認できます。
「細胞認証の実例」テクニカルレポート
3. 特定の塩基配列を持つDNAと特定のタンパク質の結合を電気泳動を用いて確認する手法のゲルシフトアッセイができます。
「ゲルシフトアッセイ」トピックス
4. テイルを付加したプライマを用いることにより、頭出しから正確に短いDNAを読み取れます。
「短いDNAの読取精度向上」テクニカルレポート
5. 普段お使いのSEQUENCHERでキャピラリーシーケンサーのデータを解析できます。
「[基礎編] キャピラリーDNAシーケンサーデータを用いたDNA配列解析ソフトウェアSEQUENCHERの基本的機能の紹介」セミナー動画
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次世代シーケンサー（NGS）と棲み分け利用することで、
絞り込まれたDNAターゲットを安価、簡便、短時間で測定・解析できるシーケンサーです。
[メリット]
絞り込まれたDNAターゲットを安価、簡便、短時間で測定・解析できる
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1. がんの発生や進行の原因究明において、高い感度と精度が要求される低頻度変異の検出が可能です。
「DS3000 Compact CE SequencerとMutation Surveyorを用いた低頻度変異の検出」テクニカルレポート
2. NGS検出変異のバリデーションが行えます。
「次世代シーケンスデータの確認」テクニカルレポート
3. バイサルファイトシーケンスが可能です。
「バイサルファイトシーケンスの実例」テクニカルレポート
4. 遺伝子の欠失・重複から遺伝性腫瘍や先天性/遺伝性疾患などのMLPA解析に利用できます。
「MLPA®解析の実例」テクニカルレポート
5. がん関連遺伝子を検出するマイクロサテライト不安定性分析に利用できます。
「マイクロサテライト不安定性分析の紹介」テクニカルレポート
6. SNaPshot解析でマルチローカスの複数箇所のSNPを同時に検出することが可能です。
「SNaPshot®解析」テクニカルレポート
7. 細胞認証（Cell Line Authentication : CLA）を定期的に実施することで、細胞株に対する、外来細胞の混入や置換の有無を確認できます。
「細胞認証の実例」テクニカルレポート
8. 特定の塩基配列を持つDNAと特定のタンパク質の結合を、電気泳動を用いて確認する手法のゲルシフトアッセイができます。
「ゲルシフトアッセイ」トピックス
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