2015年10月、「拠点が基点」の基に拠点体制の見直しが行われ、複数の支店にまたがる課を統括し、積極的かつ効果的な拠点サービスを展開するため支社体制へ移行するなか、北海道支店と神奈川支店を取りまとめる支社として東京支社が設立された。設立当初は、サービス部門と同じく本社ビルに入居していたため、東京支社に直接紐づくサービス課はなく、各サービス部門の直下にサービス課が配置される組織となっていた。
2018年10月には、本社サービス部門の中にある全国のサービス課をまとめる統括機能とお客様対応を行うサービス機能の役割の明確化を図るため、各サービス部門に属していた東京地区のサービス課が東京支社へ移管された。本再編により、全ての拠点が均一な体制へ移行することとなった。
2020年4月には支社管轄拠点の再編が行われ、北海道支店が東日本支社管轄となる一方、関越支店が東京支社管轄となった。これにより東京支社の管轄エリアは、関東および甲信越地区に特化したものとなり、従前よりも支社内エンジニア派遣を活性化させ繁閑の平準化を図ることが可能となった。
2021年12月にはお客様サポートセンタのコールセンタとともに現在の四谷国際ビルへ移転した。移転に伴い職場環境の大幅の改善を図り、特に執務スペースについては、従来の固定席からフリーアドレスに変更し、部署の垣根を越えたコミュニケーションがとりやすい環境となった。
2022年4月には、社内プロセスをシンプル化し、意思決定や経営判断のスピードアップのために支社体制の見直しとなり、東京支社から東京支店となった。また半導体評価装置課が拠点集約に伴い、関越支店へ移管となった。更に2021年4月に日立ハイテクサイエンスから移管されたBT(Beam Technology)サービス事業のサービスを電子顕微鏡二課として開始した。
2023年4月には、前年度の半導体評価装置課の拠点集約と同様、プロセス装置課が関越支店へ移管となった。
2024年4月には、日立製作所ヘルスケア事業の会社分割による日立ハイテクへの承継に伴い、一部のサービス事業が移管となり、東京支店でも医用機器課にて検体前処理システムのサービスを担うことになった。

東京支店は、2024年5月に全面的に事務所レイアウト変更を行った。変更点は大きく2点あり、3階と4階フロアに分かれていたコールセンタを4階へ集約した点(2024年3月実施)と、東京支店の荷受室・測定器置場などを拡張し、3階の元コールセンタのエリアへ移動させた点である。さらに執務エリアのテーブル席も増やし、新たに会議室を新設した。レイアウト変更により、荷受室や測定器のスペースが以前よりも広くなり、社員の安全・効率化が保たれるようになった。

レイアウト変更後の事務所