ロジスティクスセンタは、2015年4月にサービス企画本部から財務本部に移管され調達・ロジスティクスセンタとなった。当初は管理グループ、調達グループ、那珂ロジスティクスグループ、関西ロジスティクスグループ、笠戸ロジスティクスグループの計5グループ38名でスタートしたが、翌2016年4月には、需要予測グループが新設、分離された。
財務本部移管当時は、「サービス活動と同期した部品供給」をスローガンに迅速な部品供給体制をめざし、在庫部品の拡充と24時間365日対応に向けた取り組みを行った。
ロジスティクス関連では、那珂ロジスティクスセンタ、関西ロジスティクスセンタ、笠戸ロジスティクスセンタの国内3拠点に基幹システムSAP R3と倉庫システムのネットワークを構築し、部品情報（在庫、価格、納期情報、製造中止情報、受注実績など）を連携していた。

那珂ロジスティクスセンタは、鉄骨造3階建て約1,500m²で、バケットスタッカ3基、パレットスタッカ1基の自動倉庫を設置していた。また、保冷品の保管用には、プレハブ保冷庫1基、保冷庫8台、冷凍庫3台を設置し、劇毒物保管用として約12坪の劇毒物管理室を設けた。
物量の増加に伴い2015年よりサテライト倉庫として成田倉庫など外部倉庫（3倉庫）の運用をしていたが、これらの倉庫を集約し、2016年5月にひたちなか市堀口（日立ハイテク那珂事業所敷地内）からひたちなか市稲田に移転した。作業エリア約1,000m²、保管エリア2,700m²に拡張され、国内外部品のマザー倉庫として運用を開始した。
その後2018年に倉庫運営の将来像に関して検討し、セントラルDC-デポモデル（CDC-DP）構想に取り組んだ。CDC-DPとは関東、関西に在庫・出荷を担うマザー倉庫(セントラルDC)を設置し、地域向けの一時保管・出荷を担うデポ拠点と連携した体制を構築する計画である。全国翌日午前中納品を可能とし、需要に応じた在庫見直しなどフレキシブル管理を可能にすることが目的であった。
2020年4月、CDC-DPのフェーズ1として、関西ロジスティクスセンタの3PL(サードパーティーロジスティクス)運用を開始した。関西ロジスティクスセンタでは、最先端の自動倉庫システムによるオペレーションが行われており、入出庫作業のスピードと品質の向上が実現できた。
また、2022年5月にはフェーズ2として、那珂ロジスティクスセンタの国内向け部品の機能を神奈川ロジスティクスセンタ（神奈川県横浜市）に移し3PL運用を開始した。神奈川ロジスティクスセンタは約2,000m²の保管エリアを持つ当社のマザー倉庫である。
2024年度は基幹システムが変更となった影響でCDC-DP構想も一時中断していたが、引き続きフェーズ3の検討を開始する予定である。
笠戸ロジスティクスセンタは、2001年12月より運用開始し主にエッチャ関連の部品を取り扱っている。主にクリーンルーム対応部品を扱うため、プラスチック製の段ボールを使用し発送していた。2017年8月には葉山地区に移転した。
2021年4月には、日立ハイテクサイエンスBT事業の移管に伴い、静岡県御殿場市の小山ロジスティクスセンタが加わった。保管エリアは約300m²である。
2024年7月現在、当社のロジスティクス機能としては、那珂倉庫、神奈川倉庫、小山倉庫、関西倉庫、笠戸倉庫の全5拠点で、それぞれの特徴を活かし運営している。

需要予測に関しては、2020年よりGSPM（グローバル・サービスパーツ・マネージメントシステム）による在庫管理を進め、アジア、欧米地区及び当社のERPを連携しグローバル全体での在庫コントロールに取り組んでいる。現在はGSPMによる需要予測が浸透し、データを活用した在庫補充運用が定着化している。
顧客要求納期履行率の向上のため、直近の当社の在庫残高は大幅な増加傾向にあった。当社の業績も向上してきており徐々に在庫残高も増加傾向にはあったが、2023年度は前年比20％以上の増加率となっていた。
最も大きな要因は新型コロナウイルス感染症やウクライナ情勢等による世界的な調達難による影響で、GSPMによる発注推奨や海外現法からのフォーキャストが異常に増加したためである。2024年7月からは在庫残高増加によるキャッシュフローの悪化を懸念し、各部門において在庫高圧縮に向けた施策を開始した。2024年12月頃から徐々に効果が見えてきて、2023年度末在庫残高は目標値まで圧縮できた。今後も在庫高に関してサービス・営業部門と在庫適正化に向けて連携を強化し対応を進める。

2024年4月から調達・ロジスティクスセンタの需要予測グループ、調達グループ、ロジスティクスグループは、それぞれ企画センタ、調達センタ、サービスサポートセンタに所属部門が変更になった。これはそれぞれのグループの3権限（発注指示、発注処理、入庫検収）の機能を独立させ、三権分立による牽制機能を強化するためである。
調達センタは今後調達業務に特化して、現状の課題抽出と改善施策を展開し、事業所や仕入先との連携を強化して調達の最適化に向けての取り組みを開始する。
2024年7月からSAP S/4の運用が開始された。従来の業務プロセスを大幅に見直し、効率化や標準化を推進する。また、経費購買については日立製作所の購買システムであるSOCIOを導入し運用を開始している。今後もコンプライアンス対応強化や業務品質、効率向上等、サービス事業における調達業務の最適化に向けての組織機能強化を進めていく。